除了忍术以外，每名忍者还拥有与其他忍者卡牌同时上阵才能触发的组合技能。当然除了需要与其他忍者同时上阵以外，有些组合技还需要为忍者装备特殊的武器或防具，或是达成特殊的条件才能触发的技能。
组合技类型介绍见下表：
组合技类型
组合技触发条件
忍者组合技能
"与指定忍者同时上阵是触发该组合技"
装备组合技能1
"装备指定武器/防具时，触发该组合技"
装备组和技能2
"同时装备任意指定星级的武器及防具时，触发该组合技"
忍兽组合技能
"通灵馆中召唤指定尾兽时，触发该组合技"
性别组合技能
"当阵容中存在几名指定性别的忍者时，触发该组合技"
星级组和技能
"当阵容中存在几名指定星级以上忍者时，触发该组合技"
阵营组和技能
"当阵容中存在几名指定阵营忍者时，触发该组合技"
攻防组合技能
"当阵容中存在几名忍者的攻击/防御比时，触发该组合技"
同卡牌组合技能
"当阵容中有指定数量相同忍者同时上阵
