菏泽学院有23个院系，具体是：马克思主义学院、政法学院、教师教育学院、体育与健康学院、人文与新闻传播学院、外国语学院、数学与统计学院、物理与电子工程学院、化学化工学院、农业与生物工程学院（牡丹学院）、机电工程学院、计算机学院、城市建设学院、药学院、商学院、音乐与舞蹈学院、美术与设计学院、创新创业学院、继续教育学院、远程教育学院（菏泽学院培训中心）、单县分校、郓城分校、东校区教学部。