菜鸟驿站保证金被扣要看什么原因，如果是经营者违反同运营商签订的合作协议，触发了保证金扣除条款，一般保证金是要不回来的。这种情况一般是在合作协议到期或转让时发生。但是经营者没有违反同运营商签订的合作协议，被运营商无理由扣留保证金，可以向运营商的上级部门申诉。