严格意义上这两个概念是不一样的。

氨基酸序列是氨基酸相互连接形成肽链(或多肽)的顺序。

肽链，是氨基酸脱水缩合后的直接产物，此时并不具有活性。需要在空间上进一步加工，简单地说就是盘曲折叠，才能形成蛋白质。

也就是说，光说氨基酸序列，是不能判断该物质是蛋白质的，也有可能只是多肽。

我们平时也一般把蛋白质序列全称叫成蛋白质的氨基酸序列。

简单来说，氨基酸序列不一定是蛋白质序列，但蛋白质序列一定是氨基酸序列。