朱元璋去世后埋在南京市紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的明孝陵，和马皇后合葬于此。
洪武十四年（1381年），朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的营建工程，此年八月，马皇后去世，九月葬入此陵，定名为“孝陵”。孝陵之名，取意于谥中的孝字，有“以孝治天下”之意，一说是马皇后谥“孝慈”，故名。
朱元璋尸骨还在还在吗
朱元璋的尸骨应该还在明孝陵里面。南京市的明孝陵是著名的旅游景点，就在巍巍中山陵的旁边，着为历史上经历苦难最多的皇帝，可能是上天眷顾，明太祖朱元璋的陵墓明孝陵保存完好，在经历过明末天下大乱和后来日本鬼子在南京大屠杀的浩劫依然如故
