蜥蜴生境各异，生活于地下、地表或高大的植被中，沙漠及海岛中均可见。仅存的海生种为加拉帕戈斯群岛的海鬣蜥，食海藻。有几种蜥蜴部分水栖，食淡水生物。

对蜥蜴最为重要的环境因素为温度，会晒太阳以升高体温，使之高于气温。生活于寒冷地区的种冬眠。昼长对蜥蜴亦有影响。大部分蜥蜴为卵生，卵产于所挖穴中，树木、岩石的裂缝中，或落叶层下。