在慢滤池中，随着原水流经滤料层，就会在砂滤层表面形成一层滤膜。水中含有的杂质主要被截留在砂滤层表面，这个过程也称为基于机械筛滤的表面过滤。

同时，滤膜中的微生物分泌出的酶，对原水中的胶体还有脱稳的作用，使脱稳之后的胶体与沙粒粘附并被去除。微生物还会对水中的细菌、无机物及有机物等进行部分的去除。