鲁菜里还有一个分支，那就是鲁南菜，也称运河菜，分布于枣庄、济宁等地。运河菜有别于普通的鲁菜，口味较重，重盐、酱油，好辣，在口味偏清淡的鲁菜中独树一帜，甚至于在整个北方菜系中都不可多见，以薄皮辣椒独步鲁菜。

运河菜系尤善小吃、羊汤，甚至于主食，也不同于其他鲁菜，喜煎饼、烧饼、缸贴、单饼等面食。整体口味与苏北、皖北较为接近，与普通鲁菜迥然不同。代表食品有枣庄西集羊汤、辣子鸡、菜煎饼，济宁甏肉等。