在嘉靖三十六年，宫中起火，三大殿都烧毁了，大火危及到了文楼，嘉靖皇帝连下三道圣旨，把《永乐大典》从文楼中抢救出来。大火过后，嘉靖皇帝心有余悸，于是决定重新抄录一部《永乐大典》。一百多人经过六年的努力，《永乐大典》终于抄录完成了。这样一来《永乐大典》就有了两个版本，永乐年间的叫做正本，嘉靖年间的叫做副本。

嘉靖年间的副本抄录完成之后，永乐年间的正本就不见了。现存所有的《永乐大典》没有一本是永乐年间的