条件反射的定义：

原来不能引起某一反应的刺激，通过一个学习过程，就是把这个刺激与另一个能引起反应的刺激同时给予，使他们彼此建立起联系，从而在条件刺激和条件反应之间建立起的联系叫做条件反射。

思考的定义：

思考是思维的一种探索活动，思考力则是在思维过程中产生的一种具有积极性和创造性的作用力。

很明显两者是不同的意思。思考不是条件反射，思考是建立条件反射的过程。