北部湾港的直达航线有新加坡、马来西亚、越南、南非、巴西。

截至目前，北部湾港内外贸集装箱航线54条，基本覆盖东盟国家及全国沿海主要港口。

其中，中远海运在北部湾港开设内外贸航线10条：外贸航线可直达新加坡、马来西亚、中国香港、越南、南非、巴西等地区

内贸航线连接锦州、营口、天津、日照、连云港、宁波、泉州、高栏、湛江、海口、小铲滩等地。