母杂佛鳄龟可大30厘米。

母杂佛鳄龟长相奇特，体形较大，背甲长可达47厘米。其头部呈三角形，顶部灰褐色，散布有小黑斑点，并有数粒小突起物呈刺状，头部不能完全缩入壳内。龟的口裂较大，达眼睛后部，颈长，呈淡黄色。背甲宽短，长与宽几乎相近，成体背甲棕褐色（幼体黑色），每块盾片均有突起成棘状，且从棘的顶点向左、右、前三个方向形成放射状条纹