水族祖先的来源，主要有两种说法。

一种的说法，是说水族人的祖先是殷人后裔，水族发祥于睢水流域，民间有“饮睢水，成睢人”之说。睢水流域在安徽、江苏等地，距离现在的西南地区较远另外一种说法，是说水族人也源自于岭南百越，在殷商时期，水族先祖自中原往南迁徙至岭南百越地区，并逐步融入百越族群之中成为岭南百越的一份子。似乎两种说法并不矛盾。