二者是完全不同的两个概念。元勋指的是开国时为国家作出巨大牺牲和贡献的将军，也就是三国是位保家卫国作出伟大奉献和牺牲地将领。元勋一般都会受到人们的敬重和爱戴。

功勋指的是某个人立下的汗马功劳，也就是说作出巨大立功表现的荣誉。功勋一般会受予作出巨大贡献和成就的人。