因为毛人凤怀疑郑耀先是共产党。

郑耀先被自己同志追杀，被组织通缉，是因为误会，也说明他的潜伏工作做的非常出色。

被国民党追杀原因就比较复杂了，国民党内部一直怀疑他是共产党，但又没有证据，能力太出色战功卓越人缘又好，公开抓他难以服众。

同时他的存在也成了毛人凤掌握军统大权的最大障碍，与中统又有说不清楚的积怨，最后更是成了死仇。所以两家一拍即合，除之而后快。