大结局是奈克瑟斯的终极形态诺亚出场，打败了他的黑暗面和宿敌——扎基。

代替怜的光之继承者是西条凪。意外的悲剧导致了最后的决战，她变身为奈克赛斯奥特曼，与左右地球命运的未知之手的展开了直接的对决。光在最后做出了选择。

扎基吸收了西条风的光，在城市中肆意破坏。孤门成为了新的适能者，在姬矢准、千树怜的激励下，进化为诺亚奥特曼，一举消灭了扎基。