马拉瓜湖东西长58公里，南北宽26公里，面积1，041平方公里。平均水深20米，最深处达30米，水温24-27℃，湖面海拔39米。

湖内多岛屿，有著名的莫莫通比托火山岛。湖水经蒂皮塔帕河流入尼加拉瓜湖。富鱼类和鳄，可通航。沿湖多城镇，首都马那瓜在其南岸。西北岸有莫莫通博活火山。马那瓜湖与其东南面的尼加拉瓜湖原为太平洋海湾，由于火山活动而与海洋隔离，形成湖泊。