成化年间（1464—1487），明朝对女真族的战争取得了许多胜利，但是却忽视了蒙古。1465年，蒙古占据了河套，从此明朝退出了漠南地区，基本收缩到了内地。由于瓦剌的衰落，西北各蒙古王公脱离了瓦剌控制，明朝重新册封了罕东卫、赤斤蒙古卫、哈密卫、沙州卫等。但是西北的吐鲁番出现，西北各卫处境十分艰难此后弘治年间（1488年—1505年），其版图基本没有变化，只是北方的鞑靼强大了起来。