锦鲤池物理过滤通常会有沉淀仓和毛刷仓，鱼粪等固态物和底水一起进入过滤水循环。

而鱼马桶的设计思路是，在底排处做一次固液体分离，部分鱼粪等颗粒物直接从底排排污管排出，不随底水进入过滤水循环。底排污水管通向的自动排污仓可以每天定时排污1分钟，将底排底部的鱼粪排出。

这种设计，因为有需要将底污管路径挖深的缺陷加上底排尺寸远较沉淀仓小，只能分离部分鱼粪而不被很多人接受。