基因的独立性可以理解为，每种基因都存在于特定位置的一对同源染色体上，他们各自行使自己的功能，即复制和表达，互不影响。基因不存在排他性的说法，但是因为基因在体内是以双链dna形式存在，且有一套完整的修复机制，所以具有比较高的保守性。

在杂合子细胞中，位于一对同源染色体上的等位基因，具有一定的独立性当细胞进行减数分裂，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，分别进入两个配子当中，独立地随配子遗传给后代。基因分离定律与基因自由组合定律、基因的连锁和交换定律为遗传学三大定律。