董事会秘书是董事会的成员，一般董事会秘书都会兼任公司的高级管理人员，而且董事会秘书在董事会是拥有决策权的。总经理助理在一些公司是属于中高级管理人员，总经理助理，顾名思义是总经理的助手，只是帮助总经理分管公司部分事务和部门，没有公司事务的决策权。所以从总体来说，董秘的职位远高于总经理助理的职位。