工业用土地指标费用是批用地计划指标下达后，由于使用人改变，采取协商方式并由调入方支付一定费用给调出方，通过这种方式取得用地指标支付的费用，叫做土地指标费用。

目前，项目建设用地基本上是通过招拍挂方式取得的，所以，土地指标费用一般不应由项目建设企业承担。如果的确由项目建设企业承担并取得了合法有效票据，其支付应计入“工发成本—土地征用及拆迁补偿费”。在土地增值税清算时，可以作为成本扣除。