区别在于：工作原理不同、作用功能不同、类型分类不同。

1、工作原理不同：新风系统的工作原理：根据在密闭的室内一侧用专用设备向室内送新风，再从另一侧由专用设备向室外排出，从而满足室内新风换气的需要。全热交换器工作原理：产品工作时，室内排风和新风分别呈正交叉方式流经换热器芯体时，由于气流分隔板两侧气流存在着温差和蒸汽分压差，引起全热交换过程。