新能源充电器故障灯闪烁的原因是电瓶故障或充电器故障。

电瓶故障: 电动车的电瓶严重亏电，电瓶电压大大低于正常电压，导致充电器工作不正常而出现指示灯闪烁。

充电器故障: 充电器本身出现故障导致指示灯闪烁。