虹吸底滤来电自启原理是水泵转动后，水泵区的水会顺着上水管流到鱼缸里，而鱼缸的水位会不断上升，当水位上升超过溢流区的溢流板就会溢流到溢流区中。

而溢流区底部是由一条下水管连接着过滤的物理区，所以溢出鱼缸的水就流到溢流区再流往物理区。水经过物理区之后再进行一次溢流到水位更底。