幕府山上的树有几十种，有黄连、皂角、紫薇、刺槐、土参、三七、野花椒、野柿子、何首乌和一些硬木等树种，还有苔藓植物类，还有一些稀有树种秤锤树与铜钱树。

早在1998年，南京市人民政府就正式成立了"幕府山地区保护与开发领导小组"，全面启动幕府山植被恢复工程。