区别有三:

1、含义不同:全额拨款指所需的事业经费全部由国家预算拨款,而差额拨款是按照差额比例,由国家和单位共同承担

2、稳定性不同:比起差额拨款来说,全额拨款相对稳定而差额拨款存在的变动可能性很大,还存在很多不确定因素

3、范围不同:实行全额拨款的主要有图书馆、文化馆、各级公办学校、党校、档案局等单位,而差额拨款的单位有医院、国有企业的行业主管局等。