一种是人工的清除，比如拿工具将水藻铲下来。另一种是用除藻剂，除藻剂价格比较低廉，但是用的时候要注意稀释，不要用量太多。

另外也有人用生物清除的方法，就是养苹果螺、笠螺、清道夫、琵琶鼠等治理水藻。

但是使用除藻剂之类的药剂，可能会有一定的副作用。当药剂加入进去之后，会破坏原来的生态环境，不仅对海藻起作用，也对其它生物或是微生物都会有影响。最安全有效的办法还是生物清除。用除藻动物来清除海藻的方法没有副作用，而且清除彻底。