北京同仁堂制药集团公司除北京市外，在全国都有分支机构或企业单位。

北京同仁堂制药集团公司的旗舰药店在大栅栏的北京同仁堂药店，北京同仁堂制药厂原址在东城区打磨厂街，现改为北京同仁堂中医院。北京同仁堂制药厂总部在北京南三环赵公囗，其生产车间在北京郊区。

北京同仁堂制药集团旗下的北京同仁堂药店，北京同仁堂中医医院，北京同仁堂制药厂都是国家正规医药单位和厂家。