没什么大的区别，就是著录项多少不同而已。

案卷目录是档案部门所用的管理工具，一般用来检索及统计，它的著录项相对归档目录而言会齐全完整一些。

归档目录是由归档部门或单位编制，用于档案移交的一种清单，一般由档案部门确定格式，由归档部门填写。

归档目录在前，案卷目录在后，且归档目录可转化为案卷目录。