一般生活在幽暗、湍急、清凉的溪流中，要求生存温度25摄氏度以下，对水质和生存环境的要求非常高。当娃娃鱼发育成成体之后，就可以生活在陆地上了。它们经常栖息在洞穴、岩石缝隙、泥中等比较阴暗、潮湿的地方。

野生娃娃鱼极为稀少，主要于长江、黄河及珠江流域海拔1500米以上支流被发现。尤以陕西、四川、湖北、湖南、贵州等省为多。