肯尼亚河流、湖泊众多 ，塔纳河是肯尼亚最长的河流，全长800公里，自西向东注入印度洋阿西-加拉纳河为第二长河，全长390公里，流域面积达7万平方公里。另外，埃瓦索恩吉罗河是肯尼亚北部地区的主要水源，最后流入东非大裂谷东部的纳特龙湖 。纳特龙湖水深少于3米，湖水蒸发令湖泊有高浓度的矿物质。