两者的区别主要是用来存放的物品有所不同。

船舱指船上住人的房间和、存货的仓库。

船仓泛指存放物品的仓库。

可见，船舱被使用的范围比穿仓更为广泛，因为要考虑到人员的住宿使用情况，所以在一搜船中，船舱的数量远远多余穿仓，而且船仓一般会在船底。