科普书与故事书的区别在于：

第一，书的类别不同，科普书属于专业性书籍，可谓科学类，故事书属于综合性书籍，属于文学类。

第二，书的内容不同。科普书是关于科学技术知识的书籍，是客观存在的真实，而故事书则可以是虚构的、偏造的、演绎的，传说的等。