有自然环境、地理条件的因素，也有历史和现实的原因。

首先是迫不得已的选择，印尼许多岛屿地势高耸，大面积分布热带雨林，这些地方都不适合居住，较大的平原上，到处都是河流，除此之外便是大片的沼泽地，几乎没有什么可耕种的土地。在印尼的近万个岛屿中，除这几个大岛外，更多的是一些小岛，那种地方即使全是宜居的平原，肥沃的土地，也住不了多少人，自然也难以形成规模化的城镇。

其次是地形导致的交通问题。不是因为山地阻隔路途艰险，就是由于沼泽艰险望而却步。

从历史上看，目前的印尼诸岛上，曾经都是大大小小各自为政的王国，印尼独立后，印尼政府集中全力发展爪哇岛，对于其它岛屿基本上放任不管，此举造成其它诸岛基础设施更加落后，人口纷纷向爪哇外流。