沙尔汗叛变的原因是:沙尔汗受到了突勒太子贺鲁的蛊惑，希望利用贺鲁的力量帮助自己重回故乡，获得失去的国王位置，为了这个梦想沙尔汗选择背叛自己的恩人武则天，成为了贺鲁的内奸，密谋杀死狄仁杰和吉利可汗，可以说沙尔汗为了自己的私人利益，选择背叛了朝廷。