结局就是杰用从机械人手里得到的一个游戏主板打开游戏能量帝国，不久忍者城里玩游戏的人纷纷消失，忍者们为找到同样消失的杰进入游戏世界。

发现只有拿到三把塔纳之钥才能离开的忍者们经过火龙迷宫，飙风五十亿赛车比赛后得到两把塔纳之钥，但是凯和寇牺牲变成能量方块。

他们发现幕后主使乌纳海上（暗影至尊）将人们变成能量块是为建造个传送门。劳埃德在于晴美化身战斗中牺牲。拿到三把塔纳之钥的杰和妮雅最终通关游戏，但妮雅被寿司米给偷袭了，变成能量方块。