有系统程序，单片机的全部程序都是用户设计的，PLC的程序包括系统程序（西门子称为操作系统）和用户程序。操作系统用来组织与具体的控制任务无关的所有的CPU功能。操作系统的任务包括处理启动过程，刷新输入/输出过程映像，调用用户程序，检测中断事件和调用中断组织块，检测和处理错误，管理存储器，以及处理通信任务等。PLC的很多功能，例如扫描工作方式、定时器功能和中断处理，是操作系统完成的。在画流程图时，应考虑这个问题。