赔偿协议的书写格式如下：

1、标题。写上“协议书”三字。

2、订协议双方的基本信息。

3、正文。正文包括开头、主体两部分。开头是交待签订协议的目的、原因、依据。主体要求就协议有关事宜作出明确的、全面的说明，尤其要着力写好协议双方的权利和义务。

4、落款应写明订协议双方单位的名称，并加盖公章。最后写上签订协议的日期。