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比利亚雷亚尔一直作为一家地区级别的球队征战于西班牙低级别联赛，直到上世纪末的1998年，球队历史上首次升上甲级联赛。

升入顶级联赛后的“黄色潜水艇”在经历了短暂的不适应后在新世纪异军突起，成为西班牙足球一支不可小觑的力量。但是从未染指过西甲冠军。

直到2021年，比利亚雷亚尔在欧联杯决赛击败曼联，获得队史第一个球队冠军。