区别很大。有编制的属于事业单位编制，没编制的属于编外人员。二者在退休待遇上区别很大。主要是有编制的退休是按照机关事业养老保险享受待遇的，没编制的退休是按照城镇职工养老保险享受待遇的，前者是事业单位，后者是企业，退休金数额差距较大。