防汛指挥部是由防汛抗旱总指挥部负责。主要保证人员的安全和社会的安全，是我们国家和社会老百姓离不开的一个基层组织。根据新一轮机构改革的设计，防汛抗旱指挥部已从水利部门改到了刚成立的应急管理部门，防汛的职责也相应转移到应急管理部门但水利工程设施管护、江河湖泊管理仍归水利部门。