企业发生材料损毁要组织相关部门人员查明原因，分清责任，应当由责任人员承担的，应当由保险公司负责赔偿的，可以回收利用的，都要有具体金额的认定，这样才能确认净损失。

据此，可以计算材料损毁净损失:材料损毁净损失=损毁材料账面价值-可回收利用价值-责任人赔偿金额-保险公司赔偿金额。