培养基灭菌的方法有高压蒸汽灭菌法和间歇灭菌法 两种。

高压蒸汽灭菌法是目前最常用 ，最有效的灭菌方法 ，用高压灭菌器在压力103. 4kpPa，温度达121 3℃ ，维持20~30分钟 ，可杀灭包括细菌芽孢在内的所有微生物 。

间歇灭菌法，利用流通蒸汽间歇加热 已达到灭菌的目的 ，需要灭菌物品 放于流通蒸汽灭菌器内 ，100℃加热15~30分钟 杀死细菌繁殖体 ，取出后放37度温箱过夜 ，使芽孢发育成繁殖体 ，次日再加热一次 ，连续三次可达到灭菌效果 。