主要区别：第一，大小不同，野生泥鳅一般都比较瘦小，而养殖泥鳅一般来说都比较肥大第二，肉质不同，野生泥鳅生长周期长，肉质相对紧实，而养殖泥鳅生长周期短，肉质比较松软第三，市场价格不同，野生泥鳅市场价高，而养殖泥鳅相对便宜。

泥鳅体长形，呈圆柱状，尾柄侧扁而薄。头小。吻尖。口下位，呈马蹄形。须5对（吻须1对，上颌须2对，下颌须2对）。眼小，侧上位，被皮膜覆盖，无眼下刺。鳃孔小，鳃裂止于胸鳍基部。鳞甚细小，深陷皮内。侧线完全。侧线鳞多于150。鳔很小，包于硬的骨质囊内。