印度尼西亚和马来西亚的区别是两个不同的发展中国家，这两个国家位于亚洲东南亚部，在加里曼丹岛上两个国家陆地接壤，印度尼西亚面积和人口及经济实力位居东南亚各国首位，首都雅加达，马来西亚经济实力居东盟国家中游，首都吉隆坡。