不是。

 《明史纪事本末》记载，1402年，明成祖攻占南京后，想找人写即位诏书，大家都推举方孝孺。方孝孺宁死不从，朱棣大声问：你难道不怕诛九族吗方孝孺说：就是诛十族你能怎样结果被灭十族，杀873人。方孝孺子孙灭绝。

  方以智生于1611年，死于1671年，明代思想家、哲学家、科学家，一生正当明清交替之际，时局动荡，政权更迭。使得他个人的际遇也十分坎坷。

   方以智虽然比方孝孺晚200年，但不是他的后人，只是同姓而已。