1、种属不同。

水豚：属于豚鼠科水豚属。

海狸鼠：属于海狸鼠科海狸鼠属。

2、外形差异。

水豚：体长106-134厘米，体重35-66公斤。

海狸鼠：体长43-63厘米，体重5-10公斤。