南明在大陆最后的领土是云南。

熟悉南明历史的人都知道，云南是中国大陆上最后被清军征服的省份，这主要得益于原大西军余部孙可望、李定国等人在云南的苦心经营和武装抵抗，才让云南在1644年之后又坚持了16年，最终在汉奸吴三桂和清朝大军的围剿下才沦入清军之手。