区别有以下几点：

1、09版没有新自序没有新后记

与93版时洋洋洒洒写下上万字的自序和后记不同，作者贾平凹没有为09版再多写一个字。

2、09版序言有李敬泽、陈晓明、谢有顺三人代序，93版则只有贾平凹写。

3、09版《废都》并非以单行本的方式问世，而是与《秦腔》《浮躁》这两本贾平凹的代表作品一起，成套出版，被称为“贾平凹三部”。

4、封面不同。与93版中间为一团揉皱的白纸，整体为灰蓝的渐变色封面相比，09版《废都》封面更为艳丽，却也更简洁